在生物信息学的分析中，Linux的使用是绕不开的。例如很多生信软件只有Linux版，一些R包也没有Windows版。但是很多人都使用Windows电脑。以前我们的选择无非两种：双系统和虚拟机。双系统的话安装、配置以及和Windows系统文件交换较为麻烦，而虚拟机有额外的性能消耗。
可喜的是微软在Win10最新版中加入了适用于Linux的Windows子系统（Windows Subsystem for Linux，WSL），使得你可以在Windows下安装运行一个Linux环境。
(相关资料图)
简介
上文是微软官方文档对子系统的描述，还是很简明直接地描述了子系统的特性。
安装
子系统这个功能已经在最新版的Windows 10中自带，所以请需要的各位先升级至最新版Windows 10。如果你已经是最新版了，则可以按下面的教程安装子系统。
首先，通过Windows功能开启子系统。
在Cortana搜索框中输入Windows功能，在弹出结果中选择启用或关闭Windows功能。
在弹出的Windows功能窗口中找到适用于Linux的Windows子系统勾起，之后按下确定。
Windows会自动搜索并安装一些所需的文件，完成后会提示你重启后才会生效，选择立即重新启动。
重启后打开应用商店，搜索Linux，选择在Windows上运行Linux。
进入的页面中有多个Linux发行版供选择，个人建议选择Ubuntu。
安装后选择启动，首次进入需要等待一段时间才可以开始初始设置。
安装完成后就会要求你输入用户名和密码
设置完用户名和密码后子系统本身的安装就已经完成了。
基本设置
为了今后的使用方便，我们需要对子系统进行基本的设置并安装一些软件。
在这之前先说说子系统和Windows本身的文件交换方式。
Windows下各分区会挂载在子系统的/mnt/下，例如D:test在子系统中就是/mnt/d/test/。
更改Ubuntu软件源
sudo sed -i s/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g /etc/apt/sources.list使新源生效
sudo apt update安装htop以方便日后查看任务运行情况
sudo apt install htop安装Anaconda：详情参见
孟浩巍：生物信息学100个基础问题 —— 番外2: 用Anaconda快速搭建生物信息学分析平台166 赞同 · 17 评论文章安装R语言（推荐Microsoft R Open，是微软基于官方开源版进行二次开发的R，兼容性一致，但是你无需做任何特别的事就可以直接使用多核运算，并对矩阵计算有专门的优化）：
到Microsoft R Open下载页面（Home）下载Ubuntu对应的包，下载下来是一个tar.gz的压缩包。
进入到所下载安装包的目录，在地址栏输入bash并回车，子系统会开启，且会自动进入到资源管理器当前目录。
这个时候输入下方命令
cp microsoft-r-open-3.5.1.tar.gz ~这个就是把安装包拷贝到子系统当前用户的home目录下。
回到home目录
cd ~当然，嫌上面的步骤麻烦的话可以用下面的命令直接把安装包下载到home目录
wget https://mran.blob.core.windows.net/install/mro/4.0.2/Ubuntu/microsoft-r-open-4.0.2.tar.gz解压安装包
tar -zxvf microsoft-r-open-4.0.2.tar.gz进入解压出来的目录
cd microsoft-r-open/启动安装
sudo ./install.sh启动安装后会有两个协议，按回车进入，按q退出，退出后输入y后回车，而后就会开始安装。
出现以下提示即表明安装完成
为了后续的R包安装正常，通过下面这条命令安装一些库和编译工具
sudo apt install make cmake gfortran gcc g++ libpng-dev libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libssl-dev至此，子系统本身的安装、基本设置就完成了。